勝虫日記

動物生理学者の覚書

赤池弘次氏の「応用数理」の三本の論文

赤池弘次氏が「応用数理」という学術誌に書かれた三本の論文へのリンクと、一部引用、筆者の覚書をつけ加えました。以下に挙げたものだけではなく、はっとするような磨かかれた言葉がたくさん書かれています。また、統計学を学びはじめてしばらくしてその意…

確率の主観性と主観確率

確率は人間が定義すること。確率的なことが述べられていたら何を見ようとしてその確率が定義されているのかに注意しないといけない。確率を定義したその人の意図が背後に必ずある。これを確率の主観性と考えよう。すると、そもそも確率が言われているときす…

推論と推測

科学とはすべて論理的に正しいものだ、と考えてないだろうか?あるいは、完全な論理的正しさを求めるものだ、と考えてないだろうか?多くの人がそう考えてしまっているように思われるが、実はそれは一面にすぎない。ただし、ここでは「論理的に正しい」とは…

ウソかホントかはたまた

‪「ウソを言ってはいけない」‬‪「じゃぁ、ホントのことを言ってくれ」‬‪となったとき、‬‪「科学ではホントのことは分からない」‬‪としか言えない歯切れの悪いことにならないように、最初に、‪「この説Aはウソであるが、一方こちらの説Bであれば〇〇ビットホ…

RStudio server や Jupyter をリモートから VPN を介して使う

要点: 計算資源の豊富なデスクトップでの RStudio server や Jupyter を、 ZeroTier でつくった VPN を介して非力なノートパソコンから使う。 動機: 手元で使用するノートパソコンでは、CPUもメモリも限界があるし、長時間の計算などを行わせるには向いて…

真の分布 q(x)

真の分布は未知なので、問うquestion対象としてのqだな、とq(x)と書かれているのを読んでいる。これは未知だが確率分布の要件をみたすものとして想定される構成的概念だ。 Akaike, 1985 *1より拙訳: 人工的にデータ発生させるときを除いて、真の分布によっ…

ランダム法則

ランダム(偶然)であることとは何であるか、考えはじめると分からない。分からないが、科学では<確率変数はランダムに値をとり、平均が矛盾なく定義できるもの>と前提をおいて話をすすめる。サイコロをふったことは誰にでもあるだろう。その経験をもとに分か…

道具

これは使えない〜と思ってるとき、ほんとうに使えないのは自分のほうかも。道具はある使い方にデザインされているのであって、それを自分が理解できずに使えてないだけ。それを実現する道具がなく、本気でその意図を実現したいのなら、自分で新たに道具をつ…

Windows10にRStan入れたときのメモ

大学院生のパソコンにStanでのモデリング環境を入れる手伝いをしたのですがその備忘メモです。 基本的には、RStan Getting Startedでの手順に従います。C++の環境が必要なので、Rtools が必要。ただ、PATH 設定にチェックを入れてインストールしても、gcc の…

用語に惑わされてはいけない

統計モデリングの勉強していると、用語にけっこう惑わされます。そういう意味で、松浦氏の「用語は本質ではなく、モデル式(数式)を理解することが重要」というスタンスに習っていきたいと思います。 「StanとRでベイズ統計モデリング」松浦健太郎 という本を…

Google Computing Engine で rstan を動かすまで

前回のポストで、rstudio.cloud の紹介をした。{rstan}がインストールできなかったので、結局、Google Cloud Platform (GCP)にインストールした RStudio server を使用している。今はキャンペーン中で、1年間は無料で使える。なお、自分が仮想のコンピュ…

クラウドの RStudio ですぐに R を使う

何かを発見した.クラウドでRStudio serverを使わせてくれるっぽい. / RStudio Cloud https://t.co/xJEXXbGsyu — nakamichi (@__nakamichi__) 2017年11月8日 これで、たとえば、新たにRを使おうという方に、それぞれのパソコンにRとRStudioインストールして…

2Dが3Dをコード?

ニュースにもなっているカブトムシのツノ形成論文。とりあつかっている現象は面白いのだが、少し批判的な指摘をしたい。タイトルは、次のように、 Complex furrows in a 2D epithelial sheet code the 3D structure of a beetle horn | Scientific Reports I…

自由意志と準備電位について少しコメント

発端は、Wiredのこの記事だった。 「自由意志」は存在する(ただし、ほんの0.2秒間だけ):研究結果|WIRED.jp この紹介記事は、次の論文発表が元になっている。 The point of no return in vetoing self-initiated movements そして、自発行動に先行する脳…

@calisius さんによるより洗練されたピンセットの研ぎ方のTweets

ピンセット研磨セット 砥石はアーカンサスストーンの荒いものから半透明のもっとも目の細かいものまでいくつかと、アルミナ系人工砥石(ゴム板の上)、オイルはメタルケアーというスプレー缶のものを使用している。 #ピンセット調整 pic.twitter.com/x3RHXNF…

はてなブログの引用機能

はてなブログの引用がしやすくなったとのこと。ちょっと試してみる。 はてなブログでは、他のはてなブログの内容に言及した記事を執筆する際に、文章を正しいフォーマットで簡単に引用できるようにしました。 他のブログの文章を簡単に「引用」できる機能を…

シャコ探し@白浜

3月に帰国しました。最近は雨が続いてますね。波も高く磯に生物採集にも行きにくいです。6月には無人島まで船を出していただいて、シュノーケリングもしてみましたが、海藻がいっぱいで何がいるのかよく分からず、転石をひっくりかえしてテッポウエビを数匹…

帰国前にご馳走様

ダーラムのアパートでの夕暮れ。帰国前に友人たちと会い、ほとんどしてこなかった外食を楽しんでいる。 ハンバーガー、シンガポール料理、そして昨日はカキ料理。 生でもいただきました。

昨年ふりかえり

年明けましたね。遅れましたが、おめでとうございます。年末に済ませるべきことですが、何となく昨年を振り返っていました。 一年前に、現在自分がどういう状況にいるかはまったく予想がつきませんでした。きっと、一年後もまたそうなのでしょう。そもそも渡…

モンハナシャコの巣づくり

巣づくり行動 ボスいわく、「野外で撮ったとしたらこれまで見たものの中で最高の出来。」です。「勤勉な」巣づくりの様子が実によく撮影されています。 Mantis Shrimp &quot;Ma forteresse&quot; (mantis shrimp ... 近況 今年も10月に入りました。皆様いか…

シャコとヒトの共通点

シャコとヒトには一見共通点がなさそうが、シャコもヒトも体のバネを利用した高速運動が出来る動物なのだ*1 シャコは高速パンチ、ヒトは高速ピッチングである。現代のヒトではその能力は一部のアスリートのみが利用している。たとえば、野球のピッチャー、槍…

シャコパンチのサンドバッグ

シャコの身体は全体的に柔らかい。だけど、尻尾はゴツゴツ、トゲトゲしている。実はこの尻尾はサンドバッグになる。ケンカになった時、強烈パンチをここで受ける。他のところに当たったら死んでしまうからだ。本当にあの強烈パンチをうけられるのか、シャコ…

スピアラーへのクリスマスディナー

シャコを運んだ

シャコは実験室で繁殖とかできればいいんですが、それは難しくって、野生のシャコをつかまえてくるか、熱帯魚屋さん経由で入手するかになります。今回はマサチューセッツ州からノースカロライナ州まで運んできました。僕が実験につかっていたやつだけ半分く…

シャコ・アタック

シャコには二種類あって、パンチならぬ、アタックをするシャコがいる。 次のは、まだ小さい。一円玉程度の大きさ。どうだろう、このハイスピード・リーチング&フェッチング。彼らは、スピアラー(つきさすもの)という。ちなみに、パンチするのはスマッシャー…

アマースト最後の宴

アマーストの日本人会のみなさんと、アマースト最後の宴があった。この前日本に帰国された先輩からこちらの送られてきたという、お土産をいただいて始まり、中華料理を皆で食した。北京ダックをいただいたのは、ひさしぶりであった。二次会は、バーで飲みな…

Dukeへ行く前に

あとひと月で、Duke大学へラボごと異動です。引っ越ししないとです。面倒です。またセットアップつくらないと。すぐには実験できません。この階段の途中に描かれたシャコを見るのも、あとひと月。どがーっとデータとりたいです。

英会話より英文

アメリカに来て一番増えたと感じるのは、英会話よりも英文を読み書きする時間だ。とくにメール。ほとんどメールでやりとりが行われる。書き方がまずいと、やってほしいこともやってもらえないし、伝えたいことも伝わらない。なかなかうまくいかない。ネイテ…

ライフサイエンスライフ

ライフサイエンス、生命科学、生物科学とか、もうよくわかりませんね。自分の領域はというと、神経生物学、神経生理学、神経行動学とか、いろいろいったりしますが、個人的には動物生理学Animal Physiologyというのが好きです。動物が環境の中でどう機能する…

穴掘りするシャコ

ミシシッピから、同僚が送ってきた小さめのスピアラー シャコたちを水槽に放したら、穴掘りはじめた。くるっとひっくり返るところが、個人的にはツボ。別の角度から。